Pendahuluan 
    Menganalisis struktur kelimpahan dan keragaman molekul AOB dalam rhizosfer dan lapisan 
    Menganalisis struktur kelimpahan dan keragaman molekul AOB dalam rhizosfer dan lapisan 
      massal tanah sawah di bawah manajemen konvensional dan organik dalam jangka waktu 
      massal tanah sawah di bawah manajemen konvensional dan organik dalam jangka waktu 
                                          yang berbeda
                                          yang berbeda
            Analisis PCR-denaturing gradien gel 
            Analisis PCR-denaturing gradien gel                        Sequancing
                   elekroforesis (DGGE)                                Sequancing
                   elekroforesis (DGGE)
    Permasalahan
      1. Bagaimana Kelimpahan dan diversitas bakteri pengoksidasi amonia 
      1. Bagaimana Kelimpahan dan diversitas bakteri pengoksidasi amonia 
        pada  tanah  sawah  dengan  managemen  organik  jangka  waktu  yang 
        pada  tanah  sawah  dengan  managemen  organik  jangka  waktu  yang 
        berbeda (2, 3, 5, 9 tahun) ? 
        berbeda (2, 3, 5, 9 tahun) ? 
      2. Bagaimana Kelimpahan dan diversitas bakteri pengoksidasi amonia 
      2. Bagaimana Kelimpahan dan diversitas bakteri pengoksidasi amonia 
        pada tanah sawah rhizosfer dan lapisan massal ?
        pada tanah sawah rhizosfer dan lapisan massal ?
     Tujuan
     Tujuan dari penelitian ini adalah:
     Tujuan dari penelitian ini adalah:
     1. Mengetahui  kelimpahan  dan  struktur  komunitas  bakteri  pengoksidasi 
     1. Mengetahui  kelimpahan  dan  struktur  komunitas  bakteri  pengoksidasi 
      amonia dalam tanah di bawah manajemen rezim yang berbeda (organik 
      amonia dalam tanah di bawah manajemen rezim yang berbeda (organik 
      dan  konvensional)  ditanah  sawah,  terutama  pengaruhnya  dalam  jangka 
      dan  konvensional)  ditanah  sawah,  terutama  pengaruhnya  dalam  jangka 
      waktu yang berbeda dibawah manajemen organik (2, 3, 5, dan 9 tahun),
      waktu yang berbeda dibawah manajemen organik (2, 3, 5, dan 9 tahun),
     2. Mengetahui  kelimpahan  dan  struktur  komunitas  bakteri  pengoksidasi 
     2. Mengetahui  kelimpahan  dan  struktur  komunitas  bakteri  pengoksidasi 
      amonia dalam rizosfer dan lapisan massal tanah sawah, dan
      amonia dalam rizosfer dan lapisan massal tanah sawah, dan
     3. Mempelajari  parameter  kimia  tanah  yang  mempengaruhi  bakteri 
     3. Mempelajari  parameter  kimia  tanah  yang  mempengaruhi  bakteri 
      pengoksidasi amonia.
      pengoksidasi amonia.
                                           Metode Penelitian
         •   Sampel tanah dari Ying Feng Wu Dou pertanian organik di Pulau Chongming, 
             Shanghai, Cina (31'38 N, 121'39 E).
         •   Sampel tanah yang di analisis ada 2 yaitu tanah sawah pada lap rhizospher dan 
             lapisan masal dengan 5 perlakuan:
             1.  Tanah pertanian organik (2, 3, 5 dan 9 tahun)
             2.  Tanah pertanian konvensional (2 tahun)
         •   Sampel tanah di masukkan ke dalam plastik kemudian di tempatkan pada cool 
             pad
         •   Sempel tanah di keringkan kemudian di saring dengan diameter saringan 0,5 
             sebanyak 50 g dan di simpan pada suhu  
                                                                                  Tanah Massal : Pada 
                                                                                  Tanah Massal : Pada 
                                                                                  lapisan massal tanah 
                                                                                  lapisan massal tanah 
                                                                                  sawah (0-10 cm) dari 
                                                                                  sawah (0-10 cm) dari 
                                                                                      permukaan 
                                                                                      permukaan 
                                                                                  tanah/sekitar 15 cm.
                                                                                  tanah/sekitar 15 cm.
             air
                                           Lap. reduktif
                                    Analisis Kimai Tanah
                     Sempel tanah kering yang sudah di saring Φ 0,5 di 
                     Sempel tanah kering yang sudah di saring Φ 0,5 di 
                         analisis :
                         analisis :
                             -        +               
                             -        +               
                     1. NO3 dan NH         TDN (Total Dissolved Nitrogen)
                     1. NO3 dan NH         TDN (Total Dissolved Nitrogen)
                                     4
                                     4
                     2. CaCl        SmartChem200 Analyzer (Alliance Corp, 
                     2. CaCl        SmartChem200 Analyzer (Alliance Corp, 
                             2              
                             2              
                         France)
                         France)
                     3. Jumlah  kandungan  N  dan  C                      CHNS/O 
                     3. Jumlah  kandungan  N  dan  C                      CHNS/O 
                         Analyzer (Elementar, Jerman)
                         Analyzer (Elementar, Jerman)
                     4. N  Organik  dihitung  sebagai  DON  (Dissolved 
                     4. N  Organik  dihitung  sebagai  DON  (Dissolved 
                         Nitrogen Organik) = TDN - (NO + NH )
                         Nitrogen Organik) = TDN - (NO3 + NH4)
                                                     3     4
                     5. pH tanah           pH meter (perbandingan air : 
                     5. pH tanah           pH meter (perbandingan air : 
                         tanah = 50 ml : 10 g)
                         tanah = 50 ml : 10 g)